Inaugurato nel mese di Maggio del 2000, oltre a conservare ed esporre i materiali archeologici del territorio evitandone la continua dispersione, ha come obiettivo anche quello di facilitare la conoscenza e la fruizione ad un'utenza vasta e differenziata, del patrimonio storico-artistico organizzando molteplici iniziative quali: mostre, convegni, attività didattiche, concerti, produzione di materiali divulgativi multimediali, visite guidate, creazione di percorsi tematici nel territorio e nel centro urbano; avviando anche collaborazioni con le altre istituzioni museali per favorire scambi e gemellaggi che concorreranno al progresso degli studi.

La sede è sistemata all'interno dell'ex chiesa medioevale di Santa Lucia, conosciuta localmente come "Tempio Gotico" o "Chiesone" per le sue notevoli dimensioni e per l'uso profano cui è stato destinato nel corso dei secoli dopo la sua sconsacrazione. La chiesa costruita nei pressi dell'antica Rocca dei Frangipane, sorge sul punto più alto dell'abitato medioevale; la sua fondazione viene fatta risalire al 1102. La chiesa orginaria si presentava con un impianto basilicale a tre navate e abside centrale, con l'ingresso che avveniva tramite una scalinata. Attualmente sono rimaste solo la navata centrale e la destra in cui si aprono due cappelle, mentre la sinistra è occupata da costruzioni civili e dall'entrata attuale. L'interno che mostra un carattere gotico, conferito dagli arconi a sesto acuto su cui poggiano i muri portanti il tetto a capriate, è il risultato dei rifacimenti e delle ricostruzioni, alcune delle quali messe in luce durante i restauri.

Durante i lavori di restauro sono state rinvenute numerose fosse e sepolture, mentre dietro i primi due archi gotici sono stati scoperti due frammenti di affresco raffiguranti: un santo vegliardo (S. Onofrio?) con aureola raggiata a rilievo e una parte di decorazione, ora staccati ed esposti al pubblico. Sotto il pavimento è stata rinvenuta anche una cisterna di epoca romana, costituita da un locale a pianta quadrata con quattro pilastri centrali rettangolari, portanti un sistema di volte. Nel Medioevo l'ambiente fu riutilizzato come luogo di culto cristiano, costruendo un gradino rialzato sul lato est, che conserva al centro la traccia di un elemento circolare probabile sostegno di una mensa d'altare.