Il percorso è articolato su due livelli e in cinque sezioni attraverso cui è possibile seguire i principali eventi che hanno caratterizzato la storia più remota del territorio dei Colli Albani, le trasformazioni che il paesaggio, il mondo animale e vegetale hanno subito per arrivare a come sono oggi.
Il racconto della nascita dei Colli Albani ha inizio nella sezione dedicata alla Geologia, con l’espediente scenico del “condotto di fuoco” che catapulta il visitatore nel bel mezzo di un’eruzione vulcanica.
La fossilizzazione è il primo tema affrontato nella sezione di Paleontologia, il punto di partenza per indagare più a fondo la vita del passato attraverso una ricca raccolta di fossili, un plastico con i dinosauri, i calchi delle loro impronte ed un filmato sulla nascita e l’evoluzione della vita nel territorio prima della comparsa dell’uomo.
La successiva sezione di Antropologia esamina le spinte biologiche e ambientali che hanno portato alla comparsa dell’uomo e le tappe principali della sua evoluzione.
I cambiamenti che hanno caratterizzato il lungo cammino dell’uomo, dal Paleolitico inferiore al Neolitico sono rappresentati nella sezione di Preistoria, attraverso numerose testimonianze di vita quotidiana e la scenografica ricostruzione di una grotta in cui il visitatore può entrare a contatto diretto con l’ambiente e le abitudini dell’uomo del Paleolitico.
La sezione di Protostoria illustra infine, i diversi tipi di organizzazione sociale ed economica in atto nell’area dei Colli Albani, nel periodo dal Bronzo antico all’età del Ferro, presentando testimonianze materiali.
Il museo utilizza vari strumenti comunicativi, affiancando ai materiali esposti e ai classici pannelli descrittivi ricostruzioni, exhibits, "pannelli cassettonati", filmati e scenografiche ambientazioni, in modo da favorire nel visitatore l’uso combinato di tutti i sensi percettivi.